Nach der Eroberung Malagas durch christliche Könige wurde die Santa Iglesia Catedral Basílica de la Encarnación auf dem Grundriss einer Moschee errichtet, die für diesen Zweck abgerissen wurde. Die Bauarbeiten begannen im Jahre 1518 und zogen sich über mehrere Jahrhunderte. Dies erklärt auch die unterschiedlichen Stilrichtungen in der Kathedrale.
Äußerlich herrscht architektonisch der Stil der Renaissance, der sich mit Elementen der Gotik, des Barock und des Neoklassizismus vermischt. Auffallend sind drei Torbögen aus Marmor in unterschiedlichen Farben. Über den Türen sind Medaillons mit den Stadtheiligen San Ciriaco und Santa Paula zu sehen.
Auch das Innere ist überwiegend im Stil der Renaissance und im Stil des Barock gestaltet. Ein Blickfang ist das Chorgestühl aus dem 17. Jahrhundert, das von Luis Ortis aus Zedernholz und Mahagoni hergestellt wurde. Bei einem Rundgang gibt es weitere Kunstwerke zu entdecken, wie z.B. den Cristo del Perdón des Bildhauers Pedro de Mena. In den insgesamt 17 Kapellen, die zur Kathedrale von Malaga gehören, sind außerdem die Jungfrau des Rosenkranzes von Alonso Cano und weitere sakrale Kostbarkeiten zu bewundern.
Der Innenraum der Kathedrale, die in der Nähe des Hafens von Malaga besichtigt werden kann, enthält die Mausoleen der Bischöfe Molina Larios und Fray Bernardo Manrique. Diese wurden von den Bildhauern Juan de Salazar und Gregorio Vigarny aufwendig gestaltet.
