San Miguel el Grande wurde 1542 von den Purépecha- und Guamar-Indianern als Mission gegründet. Sein Wohlstand kam nur wenige Jahre, nachdem es zu einem wichtigen Knotenpunkt auf den Routen zwischen den Bergbaustädten und der Hauptstadt Neuspaniens geworden war. Viele der wichtigsten Gebäude wurden im 18. Jahrhundert erbaut, der Zeit ihres größten Wohlstands. Im selben Zeitraum (1740–1776) wurde auch das unglaubliche Heiligtum von Atotonilco errichtet; dies erklärt die intensive barocke Atmosphäre beider Komplexe.