Die Geschichte von San Juancito ist untrennbar mit dem Mineralreichtum der Berge verbunden, in denen es sich befindet.
Vor der Ankunft der Spanier haben die Nachfahren des Volkes Tolupan / Jicaque heute in geringem Umfang die Mineralien der Region ausgebeutet. Im 16. Jahrhundert unternahmen die Spanier einen kurzlebigen Versuch, Erz aus den umliegenden Bergen zu gewinnen. Sie nutzten die einheimische Bevölkerung als Arbeitskräfte und zogen Gold und Silber aus den Bergen. Nach einigen Jahren war die einheimische Bevölkerung jedoch durch abgründige Krankheiten und Arbeitsbedingungen so verwüstet, dass die Spanier, ohne eine zuverlässige Quelle für Arbeitskräfte, andere, anscheinend lebensfähigere Orte in Honduras packten und zogen.