Das Genozid-Museum (S-21) diente als zentraler Knotenpunkt eines riesigen Gefängnissystems im ganzen Land und wurde während dieser Zeit als geheime Einrichtung zur Inhaftierung, Vernehmung, Folter und Vernichtung derjenigen genutzt, die als „politische Feinde“ des Regimes galten. Aufgrund einer Politik der Sippenhaft wurden in dem Zentrum zeitweise ganze Familien festgehalten. In den Jahren 1975 und 1979 wurden nur sehr wenige Häftlinge aus dem Gefängnis entlassen. Nur 12 ehemalige Häftlinge überlebten die Eröffnung von S-21 bei der Befreiung Phnom Penhs. Vier von ihnen waren Kinder.
Killing Field zwischen 1975 und 1979, das von den Roten Khmer bei der Verübung des kambodschanischen Völkermords genutzt wurde. Es liegt etwa 17 Kilometer südlich des Stadtzentrums und war dem Tuol-Sleng-Haftzentrum angeschlossen. Nach dem Fall der Roten Armee wurden die Leichen von 8.895 Opfern von diesem Ort exhumiert. Sie wurden vermutlich dort hingerichtet – in der Regel mit Spitzhacken, um Kugeln zu sparen – und anschließend in Massengräbern begraben.