Das Mosquito Lagoon Aquatic Preserve liegt im Osten Floridas im südlichen Volusia County südlich des Ponce de Leon Inlet. Es grenzt an zwei eingemeindete Gemeinden - New Smyrna Beach und Edgewater - und 50 Meilen nordöstlich von Orlando. Die Mosquito-Lagune ist Teil des Indian River Lagoon (IRL), einer langen, breiten, flachen Mündungslagune, die im Westen vom Festland Floridas und im Osten von einer Kette von Barriereinseln begrenzt wird. Das Mosquito Lagoon Aquatic Preserve liegt im nördlichsten Teilbecken des IRL-Systems und ist ein von Bars gebauter Mündungstyp. Das IRL-System erstreckt sich 156 Meilen vom Ponce de Leon Inlet am nördlichen Ende bis zum Jupiter Inlet am südlichen Ende. Es ist die Heimat von Großen Tümmlern, Meeresschildkröten, Seekühen, einer Vielzahl von Fischarten, Alligatoren und Vögeln. Außerdem unterstützt er die nördlichste Ausdehnung des Lebensraums der Roten und Schwarzen Mangrove, die Lebensräume der Nieder- und Hochmoore, ausgedehnte Austernriegel und Gezeitenebenen.